Η εκκλησία καταστράφηκε από βομβαρδισμό κατά το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο και πουλήθηκε σε ιδιώτη ως ανταλλάξιμο κτήμα, ο οποίος επιχείρησε την κατεδάφισή της. Τότε με πρωτοβουλία της Ιεράς Μητρόπολης Κρήτης, της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας και αντιπροσώπων Σωματείων Υπηρεσιών και Επαγγελμάτων πραγματοποιήθηκε η εξαγορά και τελικά η αποκατάσταση του ναού το 1956.

Κατά τις εργασίες αποκατάστασης του μνημείου βρέθηκε πλήθος από αγγεία βυζαντινών και μεσαιωνικών χρόνων καθώς και βυζαντινά και ενετικά χάλκινα νομίσματα.