Στη διάρκεια της οθωμανικής κυριαρχίας, ο Άγιος Μάρκος παραχωρήθηκε στον Δεφτερδάρ Αχμέτ Πασά, ο οποίος τον μετέτρεψε σε τζαμί που έφερε το όνομά του. Το κωδωνοστάσιο κατεδαφίστηκε και στη θέση του υψώθηκε μιναρές. Οι νέοι κατακτητές, μη σεβόμενοι την ιερότητα του χώρου, κατέστρεψαν τις τοιχογραφίες και τους χριστιανικούς τάφους.