Μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών και την αποχώρηση των μουσουλμάνων, ο Άγιος Μάρκος εγκαταλείφθηκε. Στη συνέχεια για ένα μεγάλο διάστημα αναδιαμορφώθηκε και λειτούργησε ως κινηματογράφος με την ονομασία «Μινώα», ενώ αργότερα και μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του 1950 χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη. Την ίδια περίοδο το μνημείο μετά βίας γλίτωσε την κατεδάφιση, καθώς είχε κριθεί ως «ετοιμόρροπο κτίσμα».