Από το 1239, που άρχισε η οικοδόμησή του, μέχρι το 1956, που ξεκίνησαν οι εργασίες αποκατάστασής του, το μνημείο υπέστη πολλές αλλαγές τόσο εξαιτίας φυσικών καταστροφών, όπως οι σεισμοί του 1303 και του 1508, όσο και εξαιτίας ιστορικών μεταβολών λόγω της διαφορετικής χρήσης του οικοδομήματος σε διάφορες εποχές.

Στην αρχική του μορφή, ο ναός ανήκε στον αρχιτεκτονικό τύπο της τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με υπερυψωμένο το κεντρικό κλίτος. Τα κλίτη χωρίζονταν με δύο σειρές κιόνων που έφεραν γοτθικά τόξα. Το προστώο αποτελείτο από έξι κίονες που συνδέονταν με πέντε τόξα και ονομαζόταν Loggia του Αγίου Μάρκου. Τη μορφή αυτή επανέκτησε το μνημείο μετά την οριστική αποκατάστασή του, το 1956.

Σήμερα διασώζεται τμήμα της ενετικής βάσης του κωδωνοστάσιου και του μετέπειτα μουσουλμανικού μιναρέ που στηρίχθηκε πάνω σε αυτήν.