Όντας στη δικαιοδοσία του Δήμου Ηρακλείου, ξεκίνησαν το 1956, μετά από πρωτοβουλία της Εταιρείας Κρητικών Ιστορικών Μελετών και χρηματοδότηση της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, οι εργασίες αποκατάστασής του.

Οι εργασίες αναστήλωσης αποπερατώθηκαν το 1961 και ο ναός φιλοξένησε συλλογή αντιγράφων βυζαντινών τοιχογραφιών της Κρήτης.

Σήμερα αποτελεί ένα μνημείο-κόσμημα της πόλης του Ηρακλείου και στεγάζει τη Δημοτική Πινακοθήκη ενώ περιστασιακά χρησιμοποιείται ως αίθουσα συναυλιών, διαλέξεων και περιοδικών εκθέσεων.