Στην αρχική του μορφή ήταν Ναός μονόκλιτος, ξυλόστεγος και με ελαφρά προεξέχον εγκάρσιο κλίτος έμπροσθεν του Πρεσβυτερίου. Το τελευταίο ήταν ορθογώνιο, καλυπτόμενο από δύο χαμηλά σταυροθόλια και πλαισιωμένο από δύο συμφυή τετράγωνα παρεκκλήσια (παστοφόρια). Η ανατολική του πλευρά διαμορφώθηκε όχι ως ημικυκλική κόγχη του ιερού, αλλά ως τετράγωνη και κοσμημένη σε όλο της το πλάτος με ένα μεγάλο τρίλοβο άνοιγμα.

Μέχρι το 15ο αι. σταδιακά προστέθηκαν τέσσερα παρεκκλήσια στη σειρά στη νότια πλευρά του ναού. Στο ένα από αυτά διατηρούνται μέχρι σήμερα τοιχογραφίες που ανήκουν στο 15ο αι., μοναδικές στην πόλη του Ηρακλείου. Και στα τέσσερα αυτά παρεκκλήσια βρέθηκαν ταφές η μια από τις οποίες σε τάφο με μαρμαρόγλυφη διακόσμηση. Το 14ο αι. προστέθηκε και το ΝΑ παρεκκλήσιο που λόγω της μεγάλης του διάστασης έχει εξωτερική είσοδο προς τη νότια πλευρά του αρχικού παρεκκλησίου.