Η τολμηρή αρχιτεκτονική του μνημείου με τις μεγάλες διαστάσεις ως προς το μήκος (54μ.), το πλάτος (15μ.) και το ύψος (12μ.) του κεντρικού του κλίτους, σε συνδυασμό με την απουσία αντηρίδων κατά μήκος του βορείου και του νοτίου τοίχου του, φαίνεται ότι συντέλεσαν στην εν μέρει κατάρρευσή του τρεις φορές από σεισμούς, κατά τις αρχές του 14ου αιώνος, στις αρχές του 16ου και κατά το 18ο. Κατά το σεισμό του 18ου αιώνα καταστράφηκαν: 1) η στέγη, 2) το μεγαλύτερο μέρος του βορείου τοίχου, 3) το ΒΑ παρεκκλήσιο του 14ου αιώνα, 4)το ΝΔ παρεκκλήσιο του 15ου αιώνα, 5) το ανατολικό σταυροθόλιο με τμήμα του τριλόβου παραθύρου, 6) η ΒΔ εξωτερική παραστάδα και 7) το άνω μέρος του δυτικού τοίχου του Ναού.