Αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μνημεία της κατηγορίας του, με ευρύτερο ευρωπαϊκό ενδιαφέρον και για την πορεία της αρχιτεκτονικής του 13ου αιώνα και την παρουσία της τόσο στην Ευρώπη όσο και στην Ελλάδα.

Χαρακτηριστικό επίσης είναι ότι ειδικά ως προς τη διώροφη διάταξη των αρχικών παρεκκλησίων του Ιερού, αυτή δεν έχει εντοπιστεί σε άλλο μνημείο της κατηγορίας του. Ήδη στην Κρήτη ο Ναός του Αγίου Πέτρου έχει αποτελέσει πρότυπο για τον Ιερό Ναό του Αγίου Νικολάου Χανίων κατά το γύρισμα του 13ου προς το 14ο αιώνα.

Οι επιμέρους πολλαπλές ιδιομορφίες του μνημείου, που εντοπίστηκαν κατά τις εργασίες αποκατάστασης, φανερώνουν συγγένειες με απολύτως σύγχρονά του κτίσματα της ίδιας αρχιτεκτονικής μορφής στη Γαλλία και στην Ιταλία του 13ου αιώνα στο Silvanes, το Venzone και το Rieti.