Σε όλη τη διάρκεια της Ενετοκρατίας, τόσο στο εσωτερικό δάπεδο του Ναού όσο και εξωτερικά, περιμετρικά των τοίχων του, γίνονταν ταφές επιφανών πολιτικών και πνευματικών ηγετών της Κάντια. Στο Β΄ τόμο του μνημειώδους έργου του "Monumenti Veneti nell isola di Creta", o Τζ. Τζερόλα αναφέρει ότι εκεί έχουν ταφεί οι Δούκες της Κρήτης Μάρκος Γραντόνικος (1331), Ιωάννης Μοροζίνης (1338), Μαρίνος Grimani (1348) και Φίλιππος Ντόριο (1357).

Με την έλευση της Οθωμανικής κυριαρχίας ο Άγιος Πέτρος μετατράπηκε αμέσως σε μουσουλμανικό τέμενος στη μνήμη του Σουλτάνου Ιμπραχήμ και του προστέθηκε εξωτερικά στη ΝΔ γωνία μιναρές.

Άλλα στοιχεία, της οθωμανικής περιόδου, που αποκαλύφθηκαν κατά τις εργασίες αποκατάστασης είναι το μιχράμπ του τεμένους, τα βοτσαλωτά δάπεδα του περιβάλλοντα χώρου καθώς και ένας κεραμεικός κλίβανος.