Ως ανταλλάξιμη περιουσία αγοράσθηκε από την Ενορία του Αγίου Δημητρίου Λιμένος για να λειτουργήσει ως Ναός. Τελικά αποφασίστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού να επιτραπεί μόνο η επετειακή λειτουργία του περιστασιακά και να παραμείνει ως επισκέψιμο μνημείο. Τις τελευταίες δεκαετίες τόσο το Καθολικό, όσο και τα προσκτίσματα της Μονής αναστηλώνονται, ενώ ο περιβάλλων χώρος απαλλοτριώθηκε και διαμορφώνεται ως οργανωμένος αρχαιολογικός χώρος συνδεμένος με την Ενετική Μονή.